分子之心MMDesign：94.7%项目成功率，六大GPCR靶点全命中

分子之心近日发布 AI 从头设计平台 MMDesign 最新技术报告。报告覆盖 18 个靶点、纳米抗体（VHH）和大环肽两类分子模态的 19 个设计项目，其中 18 个获得经实验确认的结合分子，项目成功率达 94.7%；每个项目仅测试 9—50 个候选分子，中位数为 21 个。六个受测 GPCR 靶点全部获得命中；针对此前已成功获得命中分子的六个靶点开展新一轮设计，其中五个项目取得优于前一轮的结果。

这组结果传递的信号，是从头设计正从个别靶点的示范，向少量实验验证、跨靶点、跨模态的可重复研发工作流迈进。

长期以来，抗体发现依赖动物免疫和大规模文库筛选。AI 从头设计由研究人员指定目标蛋白和潜在结合位点，直接生成新的分子序列，关键在于精准选出可进入实验验证的候选分子。MMDesign 采用“生成—计算优选—实验验证”流程，结合结构可靠性、序列特征及物理评估等标准，将候选数量压缩到每个项目仅 9—50 个。19 个项目中，453 个受测候选有 139 个获得确认结合，合并候选命中率约 30.7%；15 个项目至少得到两个结合分子。94.7% 衡量项目能否找到至少一个结合分子，30.7% 衡量受测候选中有多少真正命中，两者共同表明该平台能把实验室验证范围压缩到几十个分子。

GPCR 是重要药物靶点家族，其膜环境、构象变化和有限的胞外可结合区域使设计结合分子颇具难度。此次评估涵盖 CCR7、CCR8、EP2、GPR68、NK3R 和 A2AR 六个 GPCR 靶点，全部获得实验确认的结合分子。其中，NK3R 测试的 30 个候选全部命中，命中率 100%；GPR68 测试的 11 个候选有 10 个命中，最佳表观结合亲和力 KD 达 12.1 nM。两者合计 41 个候选、40 个命中。报告还指出，在 Thera-SAbDab 指定版本数据库中未检索到已编目治疗性抗体先例的五个 GPCR 靶点上，89 个受测候选获得 53 个结合分子，候选命中率 59.6%。

在可复用性方面，MMDesign 对六个此前已有设计成果的靶点进行新一轮设计，五个项目实现命中率、最佳亲和力或两者进一步提升。例如 PDGFR 项目候选命中率由 4.0% 提高至 21.1%，最佳 KD 由 150 nM 降至 37 nM。平台能力还延伸至不同分子模态：MDM2 项目 21 个候选中 16 个命中，PD-L1 项目 28 个候选中 11 个命中，最佳报告 KD 分别为 13.7 μM 和 40.2 μM。

报告显示，许多 MMDesign 设计的 VHH-Fc 候选分子能在 CHO 细胞中稳定表达，纯化后保持单体状态，聚集迹象较少，并在针对胰岛素和双链 DNA 的替代性检测中呈现较低非特异性反应。序列新颖性方面，与 PDB、OAS 和 SAbDab 等数据库的对比显示部分设计序列与识别区域具有新颖性。

底层模型方面，分子之心自研结构预测模型 MMFold 在 FoldBench 全部 172 个抗体—抗原界面评估中，Top-1 预测总体成功率为 70.9%，高质量预测成功率为 39.0%，约为 AlphaFold 3 的 2 倍；在 160 个共同界面子集上，Top-1 高质量预测成功率为 39.4%，高于 OpenDDE 公布的 33.0% 与 Protenix-v2 公布的 28.2%。

分子之心的技术布局包括 NewOrigin 提供底层大模型，MMDesign 承担从头生成与候选优选，MMFold 专注结构预测，QuantaMind 进行动态模拟，MoleculeOS 尝试将不同模型工具与研发任务组织到统一流程中。报告展示的跨靶点设计成果、低通量命中效率与底层模型能力，为 AI 从头设计走向产业级研发工具提供了新的实证支持。